A estrutura organizacional do Desporto Escolar compõe-se de 3 níveis complementares: uma coordenação de âmbito nacional, cinco coordenações de âmbito regional que incluem 24 coordenações locais e um número variável de Clubes de Desporto Escolar, promovidos pelos agrupamentos de escolas e escolas não agrupadas. A Direção-Geral dos Estabelecimentos Escolares, através das suas Direções de Serviços Regionais, constitui equipas para a Coordenação Local do Desporto Escolar. As Coordenações Locais do Desporto Escolar são estruturas de proximidade tendo por atribuições: a) Elaborar o plano anual de atividades (âmbito local); b) Dinamizar as suas atividades em articulação com a Coordenação Regional do Desporto Escolar e as atividades nacionais em articulação com a Coordenação Nacional do Desporto Escolar; c) Promover as ações de formação para os alunos intervenientes no Desporto Escolar; d) Analisar e dar parecer sobre os Projetos dos Clubes do Desporto Escolar em articulação com a Coordenação Regional do Desporto Escolar; e) Supervisionar as atividades dos Clubes do Desporto Escolar; f) Apresentar o relatório anual do plano de atividades.